Według wcześniejszych założeń wykup akcji miał pochłonąć znacznie mniej środków. Skoro jednak tak wielka kwota zostanie wydana, inne sprawy ucierpią, a konkretnie w przyszłość zostanie przesunięta modernizacja połączeń kolejowych. Na te działania pieniądze w znacznym stopniu miał pochodzić z Funduszu Kolejowego, który zasilają również wpływy z akcyzy i opłaty paliwowej.

Planowano, że w bieżącym roku z FK zostanie wypłacone wykonawcom około 5,7 mld zł, jednak ostatecznie będzie to kwota o 2 mld zł mniejsza. Z powodu bardzo złej sytuajci finansowej na kolei, nie jest możliwe wykorzystywanie zmaczanej puli pieniędzy. Do roku 2015 na modernizację jest do wydania około 19,5 mld zł. Dotacje unijne mogą być jednak wykorzystywane w takiej sytuacji, kiedy m.in. istnieją środki własne na realizację inwestycji. Takich pieniędzy na kolei jest za mało. Dlatego też minister transportu zabiega o pożyczenie 1 mld EUR w Europejskim Banku Inwestycyjnym, dzięki czemu kolej mogłaby "stanąć na nogi".

Decyzja o spłacie przez Państwo długu PKP SA wynika z tego, że konieczne jest uniezależnienie spółki od  przewoźników z grupy PKP, na co nalega UE. Dług PKP wynosi obecnie 5,6 – 6 mld zł.