Opodatkowane są również kolorowe certyfikaty. Polska jako jeden z nielicznych krajów UE nie wykorzystała możliwości, jakie daje Dyrektywa 2003/96/WE z 27.10.2003. Chodzi o brak zastosowania preferencyjnych stawek dla energii elektrycznej, wyłączenia lub zwrot zapłaconego podatku akcyzowego. Celem w/w dyrektywy było ujednolicenie, na obszarze Unii Europejskiej, zasad opodatkowania energii elektrycznej podatkiem akcyzowym. Z harmonizacji w tym zakresie dyrektywa wyłączyła energię elektryczną zużywaną w szczególnie energochłonnych procesach technologicznych. Praktycznie wszystkie kraje członkowskie oprócz Polski wykorzystały ten fakt stosując do energii elektrycznej zużywanej w "Procesach Energochłonnych" preferencyjne stawki, wyłączenia lub zwrot zapłaconego podatku akcyzowego.