Za główny cel programu uważa się stworzenie sprzyjających warunków do rozwoju instalacji wytwarzających biogaz rolniczy (tzw. biogazownie rolnicze), wskazanie możliwości współfinansowania tego typu instalacji ze środków publicznych (krajowych oraz Unii Europejskiej) oraz przeprowadzenie stosownych działań edukacyjno-promocyjnych w zakresie budowy i eksploatacji biogazowni rolniczych.

Zdaniem twórców projektu, utworzenie instalacji biogazowych przyczyni się także do aktywizacji gospodarczej wsi. Szacowany potencjał surowcowy pozwala na wyprodukowanie rocznie 5 mld mld3 biogazu, o parametrach jakościowych gazu ziemnego wysokometanowego, co stwarza to możliwość działania dla około 2000 biogazowni, każda o mocy 1 MW.

Wdrożenie Programu „Innowacyjna Energetyka – Rolnictwo Energetyczne” jest związane głównie ze zmianą ustawy Prawo energetyczne, ustawy o odpadach, ustaw podatkowych i aktów wykonawczych.