Jak powiedział jednak dr Przemysław Nawrocki, koordynujący ze strony organizacji WWF Polska projekt "Rzeki dla Życia", nie jest możliwe, aby w Nieszawie czy w Ciechocinku wybudować stopień wodny nie naruszając terenów Natura 2000. Ekolodzy w związku z tym zamierzają zaskarżyć inwestycję w odpowiednich instytucjach europejskich.

Ministerstwo Środowiska broni się jednak przed ekologami oświadczeniem, w którym napisano, że "Podpisanie listu intencyjnego (...) jest zobowiązaniem do przekazywania informacji nt. poszczególnych etapów procesu inwestycyjnego, między innymi wykonania raportu oceny oddziaływania na środowisko”.

MŚ już od dawna szuka w tej sprawie najwłaściwszego rozwiązania. Dwa miesiące temu Hydroprojekt przekazał resortowi środowiska zestawienie i opis możliwych pięciu wariantów dotyczących wyjścia z impasu. Chodzi tu o: rozbiórkę tamy, utrzymanie status quo, budowy zapory w Nieszawie lub w Ciechocinku, wybudowania stałego progu piętrzącego poniżej stopnia wodnego we Włocławku.
Jednak analiza dostarczonej dokumentacji wykazała, iż budowa zapory w Nieszawie czy Ciechocinku doprowadzi do zalania terenów objętych programem Natura 2000. Natomiast pozytywną ocenę Komisja ds. Ocen Oddziaływania na Środowisko przyznała pomysłowi budowy progu połączonej ze zmodernizowaniem włocławskiego stopnia wodnego.

Energa na jest chętna budować tamę, na co z początkiem roku MŚ wyraziło zgodę. Do 2010 r. Energia jest zobowiązana przedstawić raport środowiskowy.