NIK stwierdziła jednak, że efekty ekologiczne inwestycji mogłyby być większe niż osiągane do tej pory i proponuje preferowanie innowacyjnych metod termomodernizacji podczas organizacji konkursów projektów oraz usprawnienie procedur.

Inwestycje energooszczędne finansowane są m.in. ze środków ze sprzedaży kontrahentom zagranicznym jednostek przyznanej Polsce emisji CO2.  Pozyskanymi w ten sposób środkami zarządza Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. W  latach 2010 - 2014 Fundusz sfinansował lub wsparł 296 przedsięwzięć dotacjami na kwotę 480,3 mln zł. NIK sprawdziła sposób realizacji inwestycji w budynkach użyteczności publicznej (14 beneficjentów/15 projektów), które powinny  być przykładem do naśladowania w promowaniu działań poprawiających efektywność energetyczną.

Inwestycje energooszczędne przyczyniają się do zmniejszenia zużycia energii i ograniczenia emisji CO2. Dzięki nowym  systemom  grzewczym i wentylacyjnym, ocieplonym ścianom i dachom czy  wymianie okien, drzwi lub oświetlenia poprawia  się też komfort  użytkowania szpitali, szkół czy przedszkoli. Zmniejszają  się zarazem koszty eksploatacji tych budynków.  

Podczas kontroli NIK stwierdziła, że nie można określić skali rzeczywistych oszczędności, gdyż brakuje miarodajnego sposobu pomiaru. Obecnie porównywane są teoretyczne dane dot. wielkości zapotrzebowania na energię budynku sprzed termomodernizacji  z faktycznym zużyciem energii po zakończeniu inwestycji. Jednak wnikliwe badanie wykonane przez kontrolerów NIK pokazało, że wyjściowe dane teoretyczne bywają nawet  kilkakrotnie zawyżone, dlatego porównanie z pomiarem wykonanym już po zakończeniu inwestycji pokazuje tak korzystne  - zdaniem NIK zbyt optymistyczne - efekty termomodernizacji.

Dlatego szacowana opłacalność inwestycji nie miała uzasadnienia w rzeczywistych oszczędnościach na kosztach eksploatacyjnych. Średni okresu zwrotu nakładów inwestycyjnych oparty na danych rzeczywistych dla badanych inwestycji wynosił około 65 lat. NIK proponuje, aby Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska  poprawił metody mierzenia efektów ekologicznych inwestycji.

W trakcie kontroli kontrolerzy uznali, że istnieją możliwości, aby inwestycje energooszczędne były bardziej efektywne. W tym celu NIK proponuje przede wszystkim:
•    zmiany w regulaminach konkursów na takie, które preferowałyby technologie innowacyjne. Zastosowanie automatyki, pomp cieplnych czy nowoczesnych systemów poboru energii co prawda wymaga większych nakładów finansowych na etapie inwestycji, jednak efekty są trwalsze, a oszczędności długofalowe;
•    usprawnienie procedur rozpatrywania wniosków o dofinansowanie inwestycji. W pierwszych konkursach (w latach 2010-2012) od złożenia wniosku do podpisania umowy  mijało od siedmiu miesięcy do półtora roku. Pracownicy Funduszu nie byli w stanie szybko analizować obszernej dokumentacji,  wymaganej już  na etapie składania wniosków.  Z kolei konieczność przygotowania wielu dokumentów  zniechęca potencjalnych inwestorów.

Po kontroli Fundusz zadeklarował m.in., że wprowadzi usprawnienia w procedurach konkursów, także innych prowadzonych przez Fundusz, a system monitorowania i rozliczania ekologicznych efektów inwestycji zostanie usprawniony.