Zadania Programu wykonywane były zgodnie z przyjętymi priorytetami i założeniami.

NIK ma jednakże poważne zastrzeżenia do działań związanych z ochroną przeciwpowodziową w regionie górnej Wisły już po uchyleniu Programu, w szczególności chodzi o realizację i utrzymanie budowli przeciwpowodziowych.

Za to zadanie odpowiada wiele różnych podmiotów, ale ich działania nie są ze sobą w żaden sposób skoordynowane.

Izba zwraca także uwagę, że gospodarka wodna jest permanentnie niedoinwestowana, co wykazały liczne kontrole NIK, pomimo że straty powodziowe szacuje się w miliardach złotych. Środki na zdecydowaną większość inwestycji i prac remontowo-utrzymaniowych pochodzą z rezerwy celowej budżetu państwa, jednakże nie ma określonych zasad finansowania takich zadań, ani długofalowego (wieloletniego) planu finansowego.

Realizacja Programu przyniosła wymierne efekty, takie jak modernizacja i budowa 50 km wałów przeciwpowodziowych, poprawa przepustowości ponad 15 km koryt rzek, przygotowanie dokumentacji dla 43 przyszłych inwestycji. Jednakże kluczowe znaczenie miały opracowane analizy zagrożenia powodziowego oraz analizy programów inwestycyjnych dla zdecydowanej większości dopływów Wisły, niezbędne dla powstania projektu planu zarządzania ryzykiem powodziowym dla regionu wodnego górnej Wisły.

Region wodny górnej Wisły jest obszarem, na którym ryzyko wystąpienia powodzi jest największe w kraju. Straty po powodziach z lat 1997, 2001 i 2010 oszacowano na ponad 14 mld zł. Ponieważ region górnej Wisły obejmuje pięć województw (śląskie, małopolskie, świętokrzyskie, podkarpackie i lubelskie), a za budowle przeciwpowodziowe odpowiada co najmniej siedem niezależnych od siebie organów administracji, Rada Ministrów uchwaliła w 2011 r. Program ochrony przed powodzią w dorzeczu górnej Wisły. Program miał na celu koordynację działań wielu jednostek i zapewnienie finansowania zadań związanych z ochroną przeciwpowodziową. Zadania Programu były realizowane przez niespełna 4 lata.