W całej Małopolsce w tej chwili istnieje 221 oczyszczalni ścieków na 153 aglomeracje miejskie. Każda oczyszczalnia ścieków, niezależnie czy w dolnym czy w górnym biegu, jest po to, aby odebrać ścieki, które później nie trafią do rzek. Niektóre z tych oczyszczalni nie mogą wykonywać swojego zadania, ponieważ nie ma kanalizacji. Najgorsza sytuacja pod tym względem ma miejsce w powiatach: brzeskim, limanowskim, miechowskim, nowosądeckim, suskim, tarnowskim i wielickim, gdzie sanitacja jest na poziomie 22%.

Kanalizacja jest kluczowym czynnikiem dla ochrony czystości rzek. Jak podała Barbara Pająk, naczelnik Wydziału Monitoringu Środowiska w WIOŚ: "stwierdziliśmy, że tylko w jednym punkcie, na 37 punktów badanych, wody te spełniają jakość bez oczyszczania, taką wodę można pić bezpośrednio z ujęcia. Badamy 46 rzek oraz 6 zbiorników zapory w 63 punktach i tylko w 4 punktach stwierdziliśmy przydatność wód odcinków rzek do hodowli ryb łososiowatych i to są potoki górskie".

Małopolski Wojewódzki Inspektor Ochrony Środowiska Paweł Ciećko, dodaje: "trujemy, spuszczamy ścieki do środowiska, zaśmiecamy koryta rzek i potoków (...). Potem dziwimy się, że płacimy drogo za wodę. Jesteśmy sami przyczyną złej jakości wody i przez nas ta woda jest tak droga. Przy uzdatnianiu tej złej wody ponosi się olbrzymie koszty".