Kłopoty z wodą zaczęły się na początku sierpnia np. na Kabatach. Mieszkańcy wysłali do wodociągów zawiadomienie, że woda ma żółty kolor i jest mętna. Po czym przyjechali pracownicy wodociągów przepłukać rury. Niestety pomogło to w niewielkim stopniu – woda nadal wzbudza wątpliwości. Aby mieć pewność mieszkańcy jednej z dzielnic Warszawy zamówili badanie bakteriologiczne wody płynącej z ich kranów. Okazało się, że normy mikroorganizmów przekroczone są kilkakrotnie - zamiast około 100 bakterii było ich powyżej 300. Państwowy Zakład Higieny zalecił gotowanie wody przez min. 5 minut i przekazał sprawę do Sanepidu. Tam rdzawy kolor wody, ani ilość bakterii nikogo nie zaniepokoiły.

W opinii przedstawicieli Sanepidu żelazo barwiące wodę jest obojętne dla organizmu, o ile nie przekracza dopuszczalnych wartości. Okazuje się, że stację uzdatniania opuszcza woda wolna (biorąc pod uwagę normy) od zanieczyszczeń biologicznych. Bakterie dostają się do wodociągu dopiero w osiedlowych złączach, a żelazo - w rurach.

Jak zapewnia MPWiK problemy mają się skończyć w 2010 roku kiedy zakończona zostanie warta 60 mln euro modernizacja stacji uzdatniania. Żeby inwestycja ta była skuteczna, trzeba wcześniej wymienić instalacje w dziesiątkach miejsc Warszawy. To wiąże się z zamykaniem na pewien czas wielu odcinków wodociągu, co powoduje odrywanie starych osadów z dna rur w odcinkach, przez które w danym momencie płynie woda. W efekcie z kranów płynie brunatna ciecz.