Taki stan rzeczy jest wynikiem wzrostu kosztów tego typu inwestycji oraz zawyżeniem programów rozbudowy systemów kanalizacji, zgłoszonych przez gminy do KPOŚK.
W Programie znalazł się wykaz aglomeracji oraz wykaz niezbędnych przedsięwzięć w zakresie budowy i modernizacji zbiorczych sieci kanalizacyjnych, a także oczyszczalni ścieków komunalnych.

Jest to instrument, przy pomocy którego Polska zobowiązała się wdrożyć dyrektywę 91/271/EWG zobowiązującą państwa członkowskie UE do budowy do 31 grudnia 2005 r. systemów kanalizacyjnych we wszystkich aglomeracjach powyżej 2 tys. RLM (równoważnej liczy mieszkańców). Jednakże Polska wynegocjowała przedłużenie czasu na dostosowanie się do unijnych wymogów do 2015 r. (największe aglomeracje powinny spełniać wymogi unijne już w 2010 r.).

Polska może mieć problemy z wypełnieniem zobowiązań akcesyjnych w tym zakresie, ponieważ w ciągu ostatnich 5 lat nastąpił znaczny wzrost przewidywanych kosztów realizacji KPOŚK z 35,4 mld zł do 73,2 mld zł, który przy zmniejszonym poziomie dofinansowania z funduszy pomocowych i funduszy ekologicznych w stosunku do przewidywań z 2005 r. może okazać się nie do zrealizowania. Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej koordynujący wdrażanie KPOŚK, zaznaczył, że głównym powodem wzrostu kosztów są „bardo zawyżone programy rozwojowe systemów kanalizacyjnych proponowane przez gminy i województwa”. Propozycje rozwojowe obejmują budowę ok. 73 tys. km sieci kanalizacyjnej w latach 2007-2015, podczas gdy w 2006 r. w aglomeracjach od 2 tys. RLM do 100 tys. RLM istniało łącznie 77,6 tys. km sieci kanalizacyjnej wybudowanej przez cały ubiegły wiek.

KPOŚK finansowany jest w przeważającej części ze środków własnych gmin i środków unijnych oraz z krajowych funduszy ekologicznych. Warunkiem uzyskania przez gminy dofinansowania z funduszów ekologicznych i środków pomocowych UE jest ich ujęcie w KPOŚK (PAP).

Według obliczeń KZGW tylko 50% programu rozwoju systemów kanalizacji zbiorczej i oczyszczalni proponowanych w 2008 r. do realizacji przez gminy i do włączenia do zaktualizowanego w 2008 r. KPOŚK oraz 71% obowiązującego KPOŚK, zaktualizowanego w 2005 r., będzie możliwe do sfinansowania. Takie dane można podać przyjmując, że dofinansowanie gospodarki ściekowej z PO „Infrastruktura i Środowisko” w latach 2014-2015 utrzymane będzie na poziomie - 1,5 mld zł rocznie, środki własne gmin oraz pomoc funduszy ekologicznych, z budżetu i innych źródeł utrzyma się na poziomie 2 mld zł rocznie, a dofinansowanie z programów regionalnych i wiejskich osiągnie poziom 20 proc. środków z PO IiŚ tj. 300 mln zł rocznie. Wobec tego łączna wysokość dostępnych środków finansowych osiągnie poziom ok. 30 mld zł. Dla porównania koszt realizacji KPOŚK wg propozycji aktualizacyjnych gmin i wojewodów z 2008 r. ukształtował się na poziomie 62,1 mld zł.

Zgodnie zapisami Traktatu Akcesyjnego wdrażanie wymagań w/w dyrektywy dotyczących aglomeracji powyżej 2 tys. RLM powinno następować zgodnie z poniższym planem:
- 31 grudnia 2005 r. zgodność z dyrektywą powinna być osiągnięta w 674 aglomeracjach, z których ładunek zanieczyszczeń biodegradowalnych stanowi 69% całkowitego ładunku zanieczyszczeń tego typu pochodzącego z aglomeracji;
- 31 grudnia 2010 r. zgodność z dyrektywą powinna być osiągnięta w 1069 aglomeracjach, z których ładunek zanieczyszczeń biodegradowalnych stanowi 86% całkowitego ładunku zanieczyszczeń tego typu pochodzącego z aglomeracji;
- 31 grudnia 2013 r. zgodność z dyrektywą powinna być osiągnięta w 1165 aglomeracjach, z których ładunek zanieczyszczeń biodegradowalnych stanowi 91% całkowitego ładunku zanieczyszczeń tego typu pochodzącego z aglomeracji;
- 31 grudnia 2015 r. zgodność z dyrektywą powinna być osiągnięta we wszystkich aglomeracjach, z których ładunek zanieczyszczeń biodegradowalnych stanowi 100% całkowitego ładunku zanieczyszczeń tego typu pochodzącego z aglomeracji.