Pomoc upatrywana jest w podziale projektu na dwie części. Chodzi o to, by bezpiecznie zakończyć jedną część w wyznaczonym terminie, a niezakończone działania oddzielić od całości i starać się dotacje z funduszy przyznanych Polsce na okres 2007–2013. Jak wynika z wypowiedzi Adama Ździebło, wiceministra rozwoju regionalnego, "Porozumieliśmy się z Brukselą i mamy pierwszą zgodę na podział inwestycji" cytuje Dziennik Gazeta Prawna. Taką zgoda została uzyskana dla projektu realizowanego w dorzeczu rzeki Parsęty, gdzie 22 gminy we wschodniej części województwa zachodniopomorskiego ma zyskać sieć wodociągową i kanalizacyjną.
Wstępne kosztorysy dla tej inwestycji przewidywały 170 mln EUR, jednak z uwagi na zmiany cen materiałów budowlanych i kursu waluty europejskiej koszty będą znacznie większe, nawet o 40%. Jeśli do Związku Miast i Gmin Dorzecza Parsęty wpłynie już unijna zgoda, zaraz rozpoczną się starania o 80 mln EUR na finalizację prac w regionie Szczecinka.

Również warszawski projekt, największy w kraju, ma zostać podzielony. Tutaj na budowę oczyszczalni Czajka zostanie wydane 1,6 mld zł. Powodem braku pieniędzy i wizji nieukończenia na czas wszystkich zadań jest podobnie - wyższy koszt materiałów budowlanych i spadek kursu euro. Również stolica czeka na zgodę KE, która pozwoli nie stracić części otrzymanego już dofinansowania. 

W Gdańsku do podziału na dwie części inwestycji miasto zostało zmuszone przez warunki techniczne. Powodem jest nieprzewidziana wcześniej budowa spalarni osadów na terenie modernizowanej oczyszczalni, którą miały budować miejskie ciepłownie, ale ostatecznie zrezygnowały z udziału w projekcie. Budowa spalarni pochłonie około 100 mln zł.