Dłuższy niż przewidywano okres proceduralny w zakresie pozyskiwania decyzji i pozwoleń koniecznych do podjęcia działań w ramach II fazy spowodował, że konieczna jest restrukturyzacja Projektu polegająca na wyłączeniu części zadań z Fazy III i przeniesienia ich do nowej fazy - czwartej.
W pierwotnym założeniu faza III Projektu poległa na budowie układu przesyłowego ścieków z Warszawy lewobrzeżnej do Oczyszczalni Ścieków „Czajka”.

Wpływ na konieczność zmian w Projekcie ma też znaczna zmiana cen rynkowych na roboty budowlano-montażowe w okresie 2007-2008. Rozstrzygnięcia przetargowe przewyższały kwoty wstępnie założone, co spowodowało, że koszty realizacji znacznie przewyższyły środki, jakie były pozyskano z UE w roku 2005. Zmiany wprowadzone w Projekcie spowodują, że zostanie on sfinalizowany w 2012 r.

Szacunkowe dane o kosztach realizacji IV fazy Projektu mówią, iż będzie on kosztował ponad 2,2 mld zł. Dotacja o wartości około 691 mln zł będzie stanowiła 36% kosztów.

W zakresie nowoutworzonej fazy IV wykonana zostanie część zadań przeniesiona z fazy III. Wejdą tu m.in. budowa kolektorów przesyłowych do oczyszczalni „Czajka”, budowa obiektów pomocniczych na terenie oczyszczalni oraz budowa kanalizacji (ok. 30 km) i przepompowni ścieków na terenie Bielan, Rembertowa oraz Wawra.