Fundusz przejął te obowiązki od Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej. Będzie zatem odpowiedzialny za unijne środki na: retencjonowanie wody i zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego, zapobieganie i ograniczanie skutków zagrożeń naturalnych oraz przeciwdziałanie awariom, a także monitoring środowiska.

Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko jest największym - z punktu widzenia dostępnych środków - programem w Unii Europejskiej. Na jego realizację w latach 2007-2013 zostanie przeznaczone ponad 36 mld euro. Ze środków Unii Europejskiej będzie pochodziło 27,8 mld euro (w tym ze środków Funduszu Spójności - 21,5 mld euro oraz Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego - 6,3 mld euro).