W 2007 r. podstawowa działalność Narodowego Funduszu nakierowana została na pełne wykorzystanie bezzwrotnej pomocy zagranicznej, w tym przede wszystkim środków z Funduszu Spójności (FS) i z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR) w ramach działania 2.4 Sektorowego Programu Operacyjnego Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw (SPO WKP).

Kontynuowane były zdecydowane działania naprawcze w celu nadrobienia zapóźnień z lat 2000-2005 we wdrażaniu projektów dofinansowywanych z Funduszu Spójności/ISPA. W 2007 r. podpisanych zostało 340 kontraktów na kwotę 1.708 mln euro, podczas gdy w całym okresie 2001-2006 podpisano ich 545 na kwotę 1.864 mln euro. W 2007 r. Narodowy Fundusz wypłacił beneficjentom 241 mln zł pożyczek inwestycyjnych, a w latach 1999-2006 247 mln zł. Przedstawione liczby pokazują jak ogromne zapóźnienia wystąpiły w absorpcji środków z Funduszu Spójności/ISPA w poprzednich latach.

W ramach Działania 2.4 SPO WKP w roku 2007 zrealizowano 209 wniosków beneficjentów o płatność, z tego 100 to wnioski o płatność końcową. Na realizację programu wypłacono prawie 233 mln zł, z czego ze środków EFRR – 172 mln zł, a ze środków Narodowego Funduszu prawie 61 mln zł dotacji inwestycyjnych.

W 2007 r. zmieniona była struktura organizacyjna Narodowego Funduszu w celu podporządkowania jej funkcjom związanym z przygotowaniem i wdrażaniem projektów dofinansowywanych środkami pomocowymi. Została ona dostosowana również do realizacji nowych zadań związanych z nową perspektywą finansową Unii Europejskiej na lata 2007-2013. W zakresie pozostałej działalności statutowej działania Narodowego Funduszu w 2007 roku koncentrowały się na realizacji zadań wynikających z Krajowego Programu Oczyszczania Ścieków Komunalnych i Krajowego Planu Gospodarki Odpadami.