Zdaniem Komisji Europejskiej przyczyną wstrzymania wypłaty są bardzo poważne nieprawidłowości w systemie zarządzania programem „Innowacyjna Gospodarka” oraz jego kontrolowaniu. O ile zgodnie z prawem unijnym możliwe są uchybienia w tego rodzaju programach, to dopuszcza się je na poziomie 2%, natomiast w tym przypadku stwierdzono ich blisko dwukrotnie więcej - 3,7%. Jak podaje Dziennik Gazeta Prawna, odpowiedzialność za błędy ponosi resort rozwoju regionalnego, bo do jego obowiązków należy korekta błędów we wnioskach o dotacje unijne, które zostały zaakceptowane.

Na naprawę błędów mamy 3 miesiące. Po tym czasie KE ponownie zbada dokumentację i zdecyduje o tym, czy i w jakiej wysokości dotacja zostanie wypłacona. Będzie to trudne zadanie, a nawet czasem wręcz niemożliwe. Okazuje się, że w niektórych przypadkach trzeba ponownie przeprowadzić procedurę zamówień publicznych w odniesieniu do już rozstrzygniętych i zrealizowanych projektów. W przypadku, jeśli nie Polska nie wywiąże się na czas z podjętych zobowiązań, wypłata zostanie zamrożona na długi czas, a to może stanowić istotny problem dla kasy państwowej. KE zaznacza jednak, że póki co sprawa nie jest przesądzona i jest zdecydowanie za wcześnie, by mówić o utracie tej puli pieniędzy, bo wiele z błędów można naprawić, jeśli zostaną podjęte odpowiednie starania.