Unijni urzędnicy wyrywkowo sprawdzają systemy wdrażania funduszy i ich kontrolę w poszczególnych krajach. Sprawdzają, czy dotacje zostały dobrze rozliczone, czy dana dopłata rzeczywiście została wykorzystana zgodnie z założeniami itp. Błędy w rozliczeniach mogą skutkować odebraniem dofinansowania. 

Z raportów ETO wynika, że Polska na tle innych krajów otrzymujących dotacje wygląda bardzo dobrze. W rozliczeniach popełniamy zdecydowanie mniej błędów niż inne kraje. O ile w 2012 r. średnio w Unii Europejskiej poziom błędów w zakresie wydatkowania pieniędzy z  polityki spójności wyniósł 6,8%, w Polsce wyniósł on poniżej 2.