Rządowy program zakłada utworzenie trzech elementów ochrony: bezpośredniej ochrony, ograniczenia zagrożenia powodziowego, systemu informacji oraz szybkiego powiadamiania.  Przewiduje się m.in. umocnienie wałów, budowę polderów i zbiorników retencyjnych, przepompowni. Powstać mają również mapy zagrożenia powodziowego oraz system wczesnego ostrzegania przed powodzią.

Koszty wdrożenia programu oszacowano na ponad 12 mld złotych. Pieniądze mają pochodzić zarówno z budżetu państwa i samorządów, jak i ze środków unijnych. Może też zostać zastosowany mechanizm partnerstwa publiczno-prywatnego.
Program dla dorzecza górnej Wisły jest programem wieloletnim, a jego uruchomienie wymaga przyjęcia ustawy przez Sejm.

Bardzo ważna będzie przebudowa i podwyższenie wałów wiślanych, które są niższe niż po stronie województwa świętokrzyskiego. Istotnym elementem ochrony przeciwpowodziowej w Małopolsce będzie budowany od kilkudziesięciu lat zbiornik retencyjny Świnna Poręba. 

W Małopolsce powodzie i podtopienia zdarzają się niemal corocznie. 169 spośród 182 małopolskich gmin było przynajmniej raz dotkniętych klęską żywiołową. Od roku 1997 do 2009 Małopolska poniosła straty oszacowane na blisko 2,9 mld zł. Na odbudowę infrastruktury komunalnej po zniszczeniach powodziowych przekazano w sumie 1,2 mld zł.