Inwestycja pozwoli również wyeliminować zagrożenia powodziowe powodowane wezbraniem wód, poprawić zarządzanie ruchem statków i podnieść poziom ochrony środowiska morskiego. Prace budowlane mają rozpocząć się jeszcze w sezonie zimowym, inwestycja ma zakończyć się w 2014 r.

Przedsięwzięcie obejmuje przebudowę umocnień brzegowych po wschodniej i zachodniej stronie toru wodnego na długości około 8 km,  likwidację przeszkód nawigacyjnych, budowę nabrzeża technicznego, modernizację oznakowania nawigacyjnego i montaż nowego oświetlenia na brzegach. Wybudowane skarpy brzegowe stanowić będą jednocześnie skarpę toru wodnego, który uzyska szerokość na dnie 120 m.

Pierwszy etap modernizacji, zrealizowany w latach 2000-2004, obejmował budowę nowych falochronów przy wyjściu z Kanału Piastowskiego na Zalew Szczeciński oraz przebudowę umocnień brzegowych. Inwestycja kosztowała 142 mln zł.

Najpóźniej do 2015 roku ma powstać dokumentacja dotycząca pogłębienia toru wodnego do 12,5 m. Pozwoli ona ubiegać się o środki na pogłębienie toru pochodzące z budżetu Unii Europejskiej na lata 2014-20. Dzięki pracom pogłębiarskim większa będzie dostępność szczecińskiego portu dla dużych statków o nośności do 40 tys. ton oraz kontenerowców o nośności do 35 tys. ton.