Ekolodzy protestujący przeciw budowie kanału i połączeniu dzięki niemu Zatoki Gdańskiej z Zalewem Wiślanym wskazywali, że wzrośnie zasolenie wody w Zalewie. To miałoby mieć negatywny wpływ na żyjącą w Zalewie florę i faunę. Raport tego nie potwierdził. "Przekop przez Mierzeję nie będzie otwartym kanałem. Będzie to śluza, do której woda wtłaczana będzie za pomocą pomp, więc wymiana wody między Zalewem a Morzem będzie znikoma" -podkreśliła wicedyrektor.

Jak wynika z raportu problemem może być zmętnienie wody, które powstanie podczas budowy czy konserwacji torów wodnych. Opublikowane w ubiegłym roku studium wykonalności budowy kanału żeglugowego przez Mierzeję Wiślaną wskazuje, że inwestycja przyniesie szereg korzyści ekonomicznych. Chodzi m.in. o oszczędności na kosztach transportu i rozwój gospodarczy regionu. Spośród czterech rozpatrywanych lokalizacji kanału (w gminie Sztutowo: w miejscowościach Skowronki i Nowy Świat oraz w gminie Krynica Morska: w miejscowościach Przebrno i Piaski) za najbardziej korzystne uznano przekopanie Mierzei w Skowronkach.

Korzyści ekonomiczne związane z budową kanału, jakie wskazują autorzy, to lepsze wykorzystanie nie tylko potencjału portu morskiego w Elblągu oraz portów Zalewu Wiślanego, ale także portów Gdańska i Gdyni. Nastawione są one na obsługę dużych ładunków towarowych, natomiast port elbląski i porty Zalewu Wiślanego obsługiwałyby określone grupy usługobiorców małych i wypełniałyby istniejące nisze rynkowe.

Szacuje się, że port elbląski osiągnie masę przeładunkową co najmniej 3,5 mln ton rocznie. Będzie dostępny dla statków morskich wszystkich bander o zanurzeniu do 4 m, długości do 100 m, szerokości do 20 m. Autorzy studium wskazują, że z ekonomicznego punktu widzenia korzyści z budowy kanału odniesie również Obwód Kaliningradzki Federacji Rosyjskiej i jego porty.

Projekt budowy kanału przez Mierzeję obejmuje 200-metrową śluzę o szerokości 25 metrów i głębokości 5 metrów zamykaną wrotami; zasadnicza część kanału będzie mieć długość 1100 metrów, szerokość 60 metrów wraz z obudową brzegów i umocnieniami skarp nawodnych, wybudowane zostaną falochrony osłaniające akwen portowy i wejście do kanału od strony morza.

Powstać ma także nowy tor podejściowy do kanału, nabrzeża postojowe na kanale i od strony morza, dwa mosty zwodzone z drogami dojazdowymi, tory żeglugowe będące podejściem do portów Zalewu Wiślanego. W 2007 roku rząd przyjął wieloletni program budowy drogi wodnej łączącej Zalew Wiślany z Zatoką Gdańską na lata 2008-2013. Z budżetu państwa przeznaczone zostanie na ten cel 417 mln 200 tys. zł.