Dziennik Rzeczpospolita zwraca jednak uwagę, że plany te może pokrzyżować kwestia wydzielania operatora gazociągów ze struktur Lietuvos Dujos, bo właśnie ta spółka ma współpracować z Gaz-Systemem przy realizacji projektu. Jakkolwiek strona litewska zapewnia, że żaden problem nie istnieje, a wydzielanie operatora zakończy się w 2013 r., to jednak Gazprom, który częściowo kontroluje Lietuvos Dujos jest temu przeciwny.