W odniesieniu do Rail Baltica środki mają być przeznaczone na dofinansowanie prac budowlanych na punktach granicznych i studium realizacji projektu tej trasy kolejowej o europejskim rozstawie torów (na obszarze byłego ZSRR obowiązuje kolej szerokotorowa o prześwicie 1520 mm).
Dostosowanie szerokości torów do rozstawu obowiązującego w Europie (1435 mm) to główne zadanie Litwy, Łotwy, Estonii i Finlandii. W grę wchodzi modernizacja istniejących linii albo budowa nowych.

Na prace na przejściach granicznych Polska-Litwa-Łotwa przeznaczono w sumie 72,8 mln  euro Dlaczego tak mało? "Są europejskie fundusze spójności, które mogą być w tym celu dodatkowo wykorzystane" - powiedział komisarz ds. transportu Jacques Barrot, przyznając, że "jest oczywiste, iż budowa tej linii kolejowej potrwa dłużej niż do 2013 roku". Analiza KE ze stycznia tego roku wykazała, że w zależności od przyjętego wariantu prac (szczegółowy przebieg trasy, dopuszczalna prędkość pociągów) cała Rail Baltica ma kosztować od 1 do 2,4 mld euro.

KE wskazuje, że Rail Baltica, podobnie jak inne inwestycje w transport kolejowy, jest przyjazna środowisku. Ubolewa, że na razie Polska, Litwa, Łotwa i Estonia jedynie w niewielkim stopniu wykorzystują kolej w tej części Europy do transportu pasażerskiego i towarowego.

Blisko trzy czwarte dostępnych funduszy na rozwój europejskich sieci transportowych KE chce przeznaczyć na kolej. Największe dofinansowanie dostały projekty w Europie Zachodniej, jak połączenie Berlin-Palermo (960 mln euro) czy szybka kolej francusko-hiszpańsko-portugalska (672 mln euro).

W szczególności KE wspiera budowę kosztownych tuneli górskich. Na liczący 63 kilometry tunel Brenner w Alpach Południowych między Austrią a Włochami KE proponuje 786 mln euro, zaś na 51- kilometrowy tunel Mont Cenis między Francją a Włochami - 672 mln euro.