Nowa ustawa o finansach publicznych wprowadza podział budżetu na budżet środków krajowych i budżet środków europejskich. W nowym budżecie ujmowane będą pieniądze przekazywane przez Unię Europejską m.in. na programy operacyjne. Środki z UE trafią na rachunki bankowe, zarządzane przez ministra finansów. Pozwoli to na zwiększenie sprawności planowania i lepsze wykorzystanie środków europejskich. Skorzystają na tym również beneficjenci środków - podmioty i osoby realizujące programy unijne.

Ustawa ta wchodzi w życie 1 stycznia 2010 r., natomiast jej przepisy dotyczące budżetu środków europejskich (części projektu budżetu państwa na 2010 r.), stosowane są już teraz. Jak określił rząd, na finansowanie programów dostaniemy z Unii w przyszłym roku prawie 42 mld zł, wydamy natomiast ponad 56 mld zł. Tym samym deficyt budżetu środków europejskich wyniesie ok. 14,5 mld zł. Deficyt budżetu państwa wyniósłby, gdyby nie wprowadzona zmiana, 66 mld zł - wprowadzono ją jednak po to, by uniknąć jego powiększania się. Jakkolwiek nie ma to wpływu na wielkość długu publicznego, nowa ustawa usprawni finansowanie zadań unijnych.

Cały proceder wspomoże wprowadzenie odrębnego podmiotu, płatnika, którym będzie Bank Gospodarstwa Krajowego (BGK), dokonującego płatności na rzecz beneficjentów z rachunków otwartych w tym banku przez ministra finansów. Płatności nie będą już miały formy dotacji rozwojowych, co wyeliminuje trudności związane z przekazywaniem i rozliczaniem dotacji. Nie będzie również opóźnień w płatnościach - płynność na rachunkach w BGK ma zapewnić minister finansów. Pozwoli to także na uproszczenie przepływów i większą kontrolę wykorzystania środków unijnych przez ministra finansów. Funkcję płatnika, a nie kolejnego podmiotu dokonującego kontroli, pełnić będzie BGK. Ponadto wszystkie pozostałe zasady wykorzystywania funduszy europejskich pozostają bez zmian.

Przewidywane jest zwolnienie z podatku dla podmiotów i osób, bezpośrednio realizujących projekty unijne ze środków z bezzwrotnej pomocy. Jednak na interpretacje dotyczące zwolnienia podatkowego mogą mieć wpływ wprowadzone zmiany w zakresie przepływu środków pieniężnych. Jak jednak wyjaśniło Ministerstwo Finansów, nic się nie zmieni w zakresie zwolnień od podatku dochodowego od osób prawnych oraz od podatku dochodowego od osób fizycznych w kwestii dochodów uzyskiwanych z pracy przy projektach w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich.