Śląski przewoźnik przede wszystkim funkcjonuje bez krótkookresowych planów i wobec braku wieloletniej strategii. Tabor przewidziany do obsługi połączeń jest za drogi (spalinowy - najdroższy) i niedostosowany do potrzeb działalności. Odpowiedni do możliwości spółki tabor byłby taki, który korzysta z trakcji elektrycznej - zdecydowanie tańszy w eksploatacji.

Kolejny poważny błąd to zawyżone zarobki, nieadekwatne do możliwości finansowych Kolei Śląskich – przykładowo, miesięczne wynagrodzenie maszynistów to ponad 7 tys. zł brutto. Szkodliwym dla spółki ma być też zatrudnianie na stanowiskach doradców i pełnomocników 20 osób, a ich zadania nie się do końca jasne. Większość z tych stanowisk wydaje się być nieuzasadniona. Jak wynika z ustaleń podczas audytu, część umów była zawierana bez przeprowadzenia stosownych analiz i określenia źródeł finansowania. Część kosztów celowo zawyżano. Za bezcelowe uznano też np. tworzenie tzw. spółek - córek, które potęgują straty KŚ.

Niepochlebny raport na temat Kolei Śląskich spotkał się z oburzeniem zarządu spółki. W piśmie do władz regionu napisano, że opracowanie jest w wielu punktach nieprawdziwe i nierzetelne. Marszałek województwa śląskiego przekazał raport do prokuratury. 

Według prognoz straty KŚ pod koniec bieżącego roku mogą sięgnąć 53 - 60 mln zł.