Pociągi z Long Island nadal będą dojeżdżały do Penn Station, natomiast dworzec Amtrak zostanie zorganizowany w miejscu zachodniej głowicy rozjazdowej, gdzie powstaną nowe perony. Na budynek stacyjny zostanie zaadaptowany zabytkowy budynek Farley Post Office, pod którym są położone tory. Częścią projektu będzie również całkowita przebudowa Madison Square Garden, która została zabudowana nad peronami Penn Station. Dzięki temu dawno wyczerpana przepustowość stacji ma zostać zwiększona. Realizacja projektu ma ruszyć za rok