Rail Baltica jest wspierana z budżetu Unii jako transeuropejski projekt transportowy. W ramach europejskiego budżetu TEN-T możliwe jest sfinansowanie do 30 procent kosztów prac infrastrukturalnych związanych z projektem oraz do 50 procent kosztów analiz. Szacunki KE ze stycznia 2007 r. wskazywały, że w zależności od przyjętego wariantu prac cała Rail Baltica ma kosztować od 1 do 2,4 mld euro.

KE przyznała jak dotąd wsparcie w wysokości 124 mln euro. Środki mają być przeznaczone na dofinansowanie prac budowlanych na punktach granicznych i studium realizacji projektu trasy kolejowej o europejskim rozstawie torów. Dostosowanie szerokości torów do rozstawu obowiązującego w Europie to główne zadanie Litwy, Łotwy, Estonii i Finlandii. Można to zrealizować albo w oparciu o modernizację istniejących linii albo budując nowe.