Wyegzekwowaniem zapisów porozumienia, jakie Ministerstwo Infrastruktury zawarło w dniu 9 grudnia 2008 r. ze spółką PKP Przewozy Regionalne, w sprawie usamorządowienia kolei, zajął się powołany przez marszałków zespół ds. kolejowych. Jak twierdzi Tomasz Moraczewski, Ministerstwo Infrastruktury nie dotrzymało najważniejszych punktów dotyczących przede wszystkim pełnego oddłużenia spółki czy przekazania niezbędnych do funkcjonowania spółki nieruchomości. Zobowiązania PKP to około 400 mln zł kosztów uruchamiania pociągów międzywojewódzkich w latach 2004-2006, nie pokryte przez Ministerstwo Infrastruktury, które było zamawiającym tą usługę. W dniu dzisiejszym odbędzie się rozprawa zmierzająca do zawarcia ugody między PKP PR, a Ministerstwem Infrastruktury.