Po wielu latach stagnacji w inwestycjach kolejowych, wejście Polski do Unii Europejskiej otworzyło przed Polskimi Liniami Kolejowymi pole do działania dzięki możliwości korzystania z funduszy unijnych:

SPOT (Sektorowy Program Operacyjny Transport) - jeden z programów wspierajcych inwestycje transportowe. Współfinansowanie obejmuje maksymalnie do 75 proc. kosztów kwalifikowanych, pozostała część kosztów jest pokrywana ze środków krajowych.
ISPA (Instrument Przedakcesyjnej Polityki Strukturalnej) - w latach 2000-2003 w ramach tego funduszu przyznano polskim kolejom 876,52 mln euro, które przeznaczono na modernizację linii kolejowych leżących w paneuropejskich korytarzach transportowych. FS (Fundusz Spójności) - pomoc w ramach FS przyznana Polsce w latach 2004-2006 wyniosła 4178,6 mln euro, z czego połowa przeznaczona jest na transport.

W najbliższej perspektywie inwestycje infrastrukturalne finansowane będą z programu POIiŚ (Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko) na lata 2007-2013. W ramach POIiŚ realizowanych będzie 15 priorytetów, w tym kluczowy dla transportu kolejowego - Priorytet VII (Transport przyjazny środowisku). W ramach programu zaplanowano dla projektów realizowanych przez spółkę PKP PLK kwotę dofinansowania około 15,2 mld zł przy poziomie dofinansowania 63,64 proc. Poziom dofinansowania odnosi się tylko do kosztów kwalifikowanych, które mają być głównie pokrywane ze środków z budżetu państwa, Funduszu Kolejowego i Europejskiego Banku Inwestycyjnego.