Tegoroczne zadłużenie Przewozów Regionalnych względem Grupy PKP wzrosło o 290 mln zł (w roku poprzednim było to ok. 360 mln zł). To pieniądze za dostęp do torów i wzajemną sprzedaż biletów. PKP Intercity, któremu Przewozy Regionalne dłużne są ok. 120 mln zł, w połowie października zleciła komornikowi zajęcie kont PKP PR. Groziło to utratą pensji dla 15,5 tys. pracowników PR. Obecnie konta zostały odblokowane, ale sytuacja finansowa Przewozów Regionalnych nadal jest zła.
 
Samorządy doszły do wniosku, że podpisywanie ze spółką PR umów na dłuższy okres pozwoli Przewozom Regionalnym na przygotowanie dłuższego i stabilniejszego biznesplanu. Może to również ułatwić przewoźnikowi starania się o dotacje unijne, ponieważ w wielu przypadkach okres trwania projektu to pięć lat. Jak podaje Gazeta Wyborcza, wicemarszałek woj. lubelskiego, Jacek Sobczak, podał, że umowa ramowa ze spółką jest właśnie w fazie negocjacji i zostanie podpisana na sześć, a nie jak dotąd - na trzy lata.

W wyjściu spółki z kłopotów finansowych a także w zdobywaniu dotacji unijnych, ma pomóc podpisanie szeregu umów z samorządami. Kontrakty z PKP PR samorządy będą podpisywać nawet na 10 lat. Dodatkowo marszałkowie domagają się od rządu, by uregulował 138 mln zł zeszłorocznej straty PKP PR.