Dworzec wybudowało w 1872 r. Towarzystwo Kolei Górnośląskiej, ówcześnie jedna z największych spółek kolejowych w Europie Środkowej. Powstał w ramach budowy linii kolejowej z Poznania przez Inowrocław do Bydgoszczy i Torunia. W 1891 r. powiększono go, zachowując styl. W 20-leciu międzywojennym odcinek szlaku Inowrocław–Bydgoszcz stał się częścią magistrali węglowej Śląsk–Gdynia.

W efekcie modernizacji dworzec zyskał nową elewację, uzgodnioną z Kujawsko-Pomorskim Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków. Stolarkę odtworzono na wzór historycznej. Poczekalnia jest ogrzewana i klimatyzowana, zamontowano elektroniczne tablice przyjazdów i odjazdów oraz system informacji głosowej. Budynek dostosowano do potrzeb osób z niepełnosprawnościami.

Pompy ciepła, rekuperacja, odzysk deszczówki i system inteligentnego zarządzania budynkiem sprawiły, że dworzec jest niskoemisyjny i energooszczędny. W jego otoczeniu uporządkowano zieleń, nasadzono nowe rośliny, wymieniono nawierzchnię chodników i parkingu. Postawiono też stojaki rowerowe.

Koszt przebudowy wyniósł 14 mln zł brutto. Polskie Koleje Państwowe były inwestorem, projekt opracowało Przedsiębiorstwo Organizacji Inwestycji Allplan, a roboty budowlane dokończyła firma Kamaro.

Przeczytaj także: Dworzec i stacja Olsztyn Główny już po modernizacji