Spośród czterech rozpatrywanych lokalizacji kanału (w gminie Sztutowo: w miejscowościach Skowronki i Nowy Świat oraz w gminie Krynica Morska: w miejscowościach Przebrno i Piaski) za najbardziej korzystną uznano przekopanie Mierzei w Skowronkach. Jeżeli chodzi o oddziaływanie inwestycji na środowisko naturalne, autorzy studium stwierdzili, że nie będzie ona miała negatywnych skutków zarówno w trakcie budowy, jak i eksploatacji kanału żeglugowego.

Projekt budowy kanału przez Mierzeję obejmuje 200-metrową śluzę o szerokości 25 metrów i głębokości 5 metrów zamykaną wrotami; zasadnicza część kanału będzie mieć długość 1100 metrów, szerokość 60 metrów wraz z obudową brzegów i umocnieniami skarp nawodnych, wybudowane zostaną falochrony osłaniające akwen portowy i wejście do kanału od strony morza. Powstać ma także nowy tor podejściowy do kanału, nabrzeża postojowe na kanale i od strony morza, dwa mosty zwodzone z drogami dojazdowymi, tory żeglugowe będące podejściem do portów Zalewu Wiślanego.

Według inicjatorów budowy, kanał przez Mierzeję uniezależni Polskę od Rosji. Obecnie jedyne przejście z Zalewu Wiślanego na Bałtyk wiedzie albo przez rzekę Szkarpawę, albo przez rosyjską cieśninę Pilawską. Rosjanie wstrzymali po swojej stronie Zalewu żeglugę polskich statków turystycznych i pasażerskich oraz możliwość wpływania polskich statków do rosyjskich portów.

Korzyści ekonomiczne związane z budową kanału, jakie wskazują autorzy, to lepsze wykorzystanie nie tylko potencjału portu morskiego w Elblągu oraz portów Zalewu Wiślanego, ale także portów Gdańska i Gdyni. Nastawione są one na obsługę dużych ładunków towarowych, natomiast port elbląski i portu Zalewu Wiślanego obsługiwałyby określone grupy usługobiorców małych i wypełniałyby istniejące nisze rynkowe. Szacuje się, że port elbląski osiągnie masę przeładunkową co najmniej 3,5 mln ton rocznie. Będzie dostępny dla statków morskich wszystkich bander o zanurzeniu do 4 m, długości do 100 m, szerokości do 20 m.

Budowa tej drogi wodnej budzi sprzeciw ekologów, ponieważ przebiega przez teren Europejskiej Sieci Obszarów Chronionych Natura 2000. Kolejnym dokumentem po studium wykonalności będzie raport oddziaływania na środowisko.

W listopadzie 2007 roku rząd przyjął wieloletni program budowy drogi wodnej łączącej Zalew Wiślany z Zatoką Gdańską na lata 2008-2013. Z budżetu państwa przeznaczone zostanie na ten cel 417 mln 200 tys. zł