Najwyższa Izba Kontroli zbadała, jak państwo rozlicza się z firmami, które mają koncesje na budowę i eksploatację płatnych autostrad. Ustaliła, że przepłaciło 169 mln zł spółce Autostrada Wielkopolska (AWSA), która eksploatuje około 150 km autostrady A2 z Konina do Nowego Tomyśla. Spółce Stalexport Autostrada Małopolska (SAM), która pobiera opłaty na 60 km autostrady A4 z Krakowa do Katowic, państwo miało przepłacić 31,1 mln zł. W zeszłym roku SAM zwrócił nadpłatę, ale według NIK - bez 1,4 mln zł odsetek.

Ponadto NIK obawia się, że na dodatkową wypłatę 46,4 mln zł może narazić państwo niedostosowanie do przepisów umowy z firmą Gdańsk Transport Company (GTC), która zarządza 90 km autostrady A1 z Gdańska do Grudziądza.

Nadpłaty wzięły się z błędnych założeń systemu rozliczania opłat za przejazd ciężarówek przez prywatne autostrady. W 2005 r. Sejm postanowił zachować winiety za przejazd aut ciężarowych po drogach krajowych, ale zwolnił ciężarówki z opłat na autostradach. Natomiast firmom eksploatującym autostrady miały być wypłacane rekompensaty za utracone środki z rządowego Krajowego Funduszu Drogowego.

Jednak zdaniem NIK system nie działa prawidłowo, ponieważ rekompensaty obliczano na podstawie błędnych założeń. Umowy z koncesjonariuszami przedstawiały zaniżone szacunki o ruchu ciężarówek i nie miały zapisów o zwrocie państwu zawyżonych rekompensat.

NIK zwróciła się do Ministerstwa Infrastruktury i GDDKiA o wyegzekwowanie nadpłat oraz wprowadzenie do umów z koncesjonariuszami zapisów chroniących interesy państwa. Izba skierowała też do prokuratury zawiadomienie o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa przez urzędników resortu infrastruktury i GDDKiA, którzy mieli nadużyć uprawnień lub nie wypełnić obowiązków.