Poważne problemy pojawiły się w ostatnim czasie w związku z jedną z najważniejszych krakowskich inwestycji komunalnych - spalarnią odpadów. Aby możliwe było skorzystanie z dotacji unijnej (58%) konieczne jest zakończenie budowy do grudnia 2015 r. W innym przypadku dofinansowanie może być utracone, a w efekcie trzeba będzie zaciągnąć kredyt komercyjny, co znacznie pogorszy sytuację finansową miast.

Kraków musi mieć spalarnię, ponieważ od 2013 r. jest zobowiązany do znacznego ograniczenia wywożonych na wysypisko ilości śmieci. Inwestycji zagrażają m.in. protestujący ze Stowarzyszenia Zielona Mogiła. Chodzi o to, że na terenie wybranym pod inwestycję znajdują się siedliska ponad 20 chronionych gatunków zwierząt. Ponadto też teren jest zagrożony powodzią. Zdaniem przeciwników inwestycji wybrana technologia utylizacji śmieci jest najgorsza z dostępnych.

Koszt budowy spalarni, za którą odpowiedzialny jest Krakowski Holding Komunalny, to około 645 mln zł netto. Dotacja unijna na ten cel wynosi 371 mln zł, co stanowi 58% wartości. 270 mln zł w ramach pożyczki na ten cel przeznaczy Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska. W kwietniu spośród czterech oferentów wybrany zostanie wykonawca, a podpisanie umowy przewidziano na czerwiec. Okres projektowania i budowy ma zająć 36 miesięcy. Jeśli jednak kwestie sporne zostaną skierowane do rozstrzygnięcia sądowego, nie uda się inwestycji zrealizować w określonym czasie. Wybrana dla spalarni lokalizacja to ul. Giedroycia w Nowej Hucie. Przewidywane roczne spalanie to 220 tys. t odpadów. W procesie spalania wytwarzana ma być również energia elektryczna oraz ciepło.