W Gdańsku nowa linia będzie rozpoczynać się na wysokości przystanku SKM Zaspa. Do obwodnicy drogowej Trójmiasta będzie wieść po śladzie dawnej, zniszczonej w 1945 r. linii Gdańsk - Kokoszki, a dalej do lotniska - nowo wytyczoną trasą. Wbrew wcześniejszym planom, tory nie będą się przecinać z, także w tej chwili projektowaną, tzw. Trasą Słowackiego, czyli arterią dwa razy po dwa pasy, która połączy lotnisko z dzielnicą Wrzeszcz oraz ze stadionem Baltic Arena.

Od lotniska tory Kolei Metropolitalnej będą poprowadzone do linii Gdynia - Kościerzyna, z którą połączą się na wysokości obecnego przystanku Rębiechowo. Patrząc od strony lotniska, funkcjonować pociągi będą mogły skręcać zarówno w kierunku Gdyni (na tej trasie powstaną nowe przystanki, m.in. na wysokości osiedli Karwiny i Witomino), jak i w kierunku Kościerzyny.

Obecny, wstępny kosztorys zakłada, że budowa Kolei Metropolitalnej będzie kosztować 690 mln zł netto (dokładne wyliczenia mają być znane za ok. 8 tygodni). Jest to kosztorys tzw. wariantu IIIA, który zakłada, że nowa linia będzie miała parametry kolejowe i prawie na całej długości będzie linią dwutorową niezelektryfikowaną .