Chociaż działający od 1 lipca system viaToll miał uprościć i uszczelnić system pobierania opłat, wcale tak nie jest. Przewoźnicy już od dawna zwracają uwagę, że system masowo generuje błędy. Najczęściej zdarza się, że elektroniczny system wielokrotnie nalicza opłaty za ten sam przejazd. Ponadto odnotowuje np. przejazdy fikcyjne (bramki zarejestrowały pojazd w dwóch miejscach), błędnie taryfikuje opłaty ze względu na emisję spalin albo wykazuje całkowity brak opłaty.

Wady systemu e-myta to nie tylko zawyżone rachunki, ale też mandaty sięgające 3 tys. zł za jeden nieopłacony przejazd.

-Część kierowców korzysta z systemu pre-paid. Kierowca sobie jedzie, wie, że na koncie ma „górkę" i że na trasę mu wystarczy. Ale bramka się myli, pobiera wielokrotną opłatę, „górka z konta znika" i już jedzie się nielegalnie – wyjaśnia Leszek Luda z Wrocławia, który jest właścicielem trzech tirów. Kłopoty są również z systemem post-paid.

Kierowcy reklamują zauważone nieprawidłowości, ale firma Kapsch, która zbudowała system, bagatelizuje problem twierdząc, że liczba reklamacji 3 – 5 tys. miesięcznie to mniej niż 0,1 promila wszystkich transakcji na drogach (37 mln).
Zdaniem Ogólnopolskiego Związku Pracodawców Transportu Drogowego przewoźnicy są w stanie wykryć tylko niewielką część błędów. Związek wystosował monit do szefów wszystkich służb, które mają prawo kontrolować pojazdy w ramach systemu via Toll (policja, Straż Graniczna, Służba Celna, ITD), z żądaniem „natychmiastowego wstrzymania wszelkich postępowań administracyjnych i egzekucyjnych". Ponadto apeluje o pilną korektę przepisów regulujących pobieranie e-myta.

Skargi transportowców sprawiły, że główny inspektor transportu drogowego Tomasz Połeć zarządził, by nie karać kierowców na drodze, a egzekucję mandatów odroczyć do czasu wyjaśnienia sprawy.

W walce o swoje pieniądze przewoźnicy nie wykluczają też skierowania monitu do premiera. Na razie liczą na reakcję Ministerstwa Infrastruktury - wiceminister Tadeusz Jarmuziewicz wystąpił do resortu z wnioskiem o zlecenie niezależnego audytu systemu viaToll.